医院始建于1980年，是深圳市卫生健康委直属医疗卫生单位，深圳市唯一一家集预防、医疗、康复、科研、教学于一体的三级甲等精神病专科医院。2007年医院加挂深圳市精神卫生中心，同时承担全市精神卫生防治和康复技术指导、流浪精神病人救治救助和精神病人强制医疗等社会综合治理任务。2010年以来，医院一直名列复旦大学医院管理研究所“中国最佳专科排行榜精神专科医院”前十位；荣膺2017年第五届“全国文明单位”，在各类顾客体验度和公众满意度测评中名列前茅；2018年、2019年在国家三级公立医院绩效考核中排名中分别位列精神病专科医院全国第八、第五；2019年在中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）排行榜排名精神专科全国第25名；2014年获批“国家临床药物试验基地”；2015年成为“国家精神心理疾病临床医学研究中心（北京大学第六医院)深圳分中心”；2017年成为“国家精神心理疾病临床医学研究中心（湘雅二医院）深圳分中心”。2016年获批“深圳市博士后创新实践基地”， 2019年医院被认定为“广东省高水平临床重点专科（精神科）”；2020年入选深圳市高水平医院（区域医疗中心）建设单位，并获批“国家住院医师规范化培训基地”。医院是深圳市精神疾病诊疗质量控制中心、深圳市精神心理疾病临床医学研究中心，严重精神障碍综合管理、社会心理服务体系建设国家试点牵头单位、新冠疫情防控深圳市“安心行动”项目具体负责单位。也是“粤港澳大湾区精神科医师联盟”主委单位。
医院业务分为临床服务、社区防治、科学研究三大系列，开放床位达到1530张。拥有3.0T MRI、80排CT、DR、rTMS等先进设备和生物样本库、精神影像研究中心、临床技能模拟培训中心等。
医院有坪山、罗湖两个院区。坪山院区为精神及康复院区，占地9.6万平方米，建筑面积13.4万平方米，主要业务为重性精神障碍诊疗与康复，以及强制医疗和医疗救助等。罗湖院区为心理院区，占地面积1.6万平方米，业务用房面积3.5万平方米。主要业务为轻性精神障碍诊疗与康复，市民心理健康促进中心、心理危机干预中心、心理咨询与心理治疗中心等均设在该院区。
医院是广东省住院医师规范化培训协同单位（精神科）、广东省普通高等医学院校教学医院，是安徽医科大学深圳精神卫生临床学院、深圳大学精神卫生学院、济宁医学院深圳精神卫生临床学院，正在推进“南方科技大学附属精神卫生中心”建设工作。临床心理科、儿少精神科、双相情感障碍科和精神卫生疾病防治为深圳市医学重点学科。拥有深圳市脑神经发育障碍康复技术工程实验室等7大研究平台。自2016起，连续举办4届《中国精神卫生领袖峰会》，集聚国内外精神卫生领军人物引领业界思潮、发布学术先声，影响遍及海内外。胡赤怡博士两度入选“全球高被引科学家”，成为全国精神病学/心理学界唯一入选的专家。目前309人次在国家、省、市级学会/协会委员会任职，其中国家级54人次，省级83人次，市级172人次。
医院与北大六院陆林教授团队、上海市精神卫生中心方贻儒教授团队、墨尔本大学Ian Everall教授团队、美国哈佛大学医学院附属波士顿儿童医院儿少精神科Myron Lowell Belfer教授团队、伦敦国王学院Robin Mac Gregor Murray院士团队和上海交通大学医学院附属精神卫生中心李华芳教授精神康复与物理治疗团队等深入合作，不断提升医、教、研、防水平。分别与北京大学第六医院、中南大学湘雅二医院共建“国家精神心理疾病临床医学研究中心北京大学第六医院深圳分中心”和“国家精神心理疾病临床医学研究中心中南大学湘雅二院深圳分中心”，与四川省精神卫生中心合作建设“《四川精神卫生》杂志深圳工作站”，与美国纽约大学社工学院联合举办精神卫生医务社工培训，与加拿大多伦多大学联合开展主动式社区治疗ACT项目，与美国罗彻斯特大学联合开展自杀预防与干预相关研究。
医院坚持以“打造中国最雅致的学术性研究型精神卫生中心”为愿景，以“守护深圳人内心的安宁”为使命，恪守“精业守诚、厚德致和”的院训。“十四五”时期，医院将深入贯彻习近平总书记在深圳经济特区建立40周年庆祝大会和视察广东、深圳重要讲话和重要指示精神，贯彻落实党的十九大五中全会精神，坚持以人民为中心的发展思想，抢抓“社会主义先行示范区”和“粤港澳大湾区”的历史机遇，以建设高水平精神专科医院，争创国家精神区域医疗中心为目标，立足全面促进深圳市精神卫生高质量发展的高起点，继续坚持“五位一体”(心理院区+精神院区+研究所+防保所+综合门诊部)的发展战略，对标最高、最好、最优，打造精神卫生“深圳样板”，为中国精神卫生服务提供“深圳范例”。
