医院一院两址，分别为深圳市妇幼保健院红荔院区和福强院区，占地面积3.5万平方米，建筑面积7.5万平方米，开放床位656张。福强院区新住院大楼2020年底投入使用后床位数将扩增至1300张。年门急诊量183万余人次，住院病人5.3万余人次，分娩量2万余例。现有职工1900余人，其中正高级职称140人，副高级职称287人，博士57人，硕士378人，博士生导师5人，硕士生导师30人。
医院设有产科、妇科、新生儿科、儿内科、儿外科、生殖医学中心、生殖免疫综合科、中医科、乳腺科、口腔病防治中心、急诊科、麻醉科、医学遗传中心、检验科、病理科、放射科、超声科、药剂科、产前诊断中心、妇女保健科、儿童保健科、新生儿疾病筛查中心、儿童听力诊断中心等30多个医疗、医技、保健科室。2020年成功获批深圳市博士后创新实践基地。
医院拥有1个国家临床重点专科（新生儿科）和1个国家特色专科（孕产期保健特色专科）；2个广东省重点专科（广东省高水平临床重点专科：新生儿科、广东省中医重点专科：中医妇科）；1个深圳市重点实验室（深圳出生缺陷预防控制重点实验室）；3个深圳市医学重点学科（产科、生殖医学科、妇幼卫生与儿童保健）；1个中医重点专科（中医妇科）。
医院目前是中国妇幼保健协会母胎医学专委会主委单位、国家产科质量控制中心专家委员会成员单位、中华预防医学会生育力保护分会青年委员会主委单位、国家级母婴安全优质服务单位、国家住院医师规范化培训基地协同单位、卫生部产前超声诊断技术培训基地、全国首批产前超声培训基地、国家卫健委妇科内分泌诊疗能力建设试点单位、全国出生缺陷防治人才培训项目培训基地、全国PAC长效避孕培训基地、全国妇幼保健中医中西医结合培训基地、全国子宫颈癌早诊早治示范基地、中华预防医学会宫颈癌防控技术培训基地、全国聚焦超声临床示范基地、中国妇幼保健协会妇科内分泌与常见病培训基地、全国产科麻醉培训基地、国家级儿童早期发展示范基地、中国青少年身心健康促进示范基地、全国新生儿皮肤护理培训基地、第一批国家分娩镇痛试点医院、中国妇幼保健协会示范孕妇学校、中国女性职业压力应激与围产期抑郁中心、广东省重症孕产妇救治中心、广东省重症新生儿救治中心、广东省产前诊断专项技术指导中心、广东省区域性产前诊断中心、深圳市孕产妇急危重症救治中心、深圳市新生儿疾病筛查中心、深圳市新生儿科质量控制中心、深圳市产科质量控制中心、深圳市乳腺科质量控制中心、深圳市中医药学会整合生殖医学专委会主委单位、深圳市医师协会妇产科医师分会会长单位、深圳市医师协会口腔医师分会会长单位及多所院校教学基地。
目前，深圳已建立了以深圳市妇幼保健院为龙头，各区妇幼保健院为支撑，综合医院、社康中心为网底的两级三层妇幼保健网络，全市孕产妇死亡率（4.29/10万）、围产儿死亡率（4.61‰）、婴儿死亡率（1.47‰）、5岁以下儿童死亡率（2.03‰）等妇幼健康主要指标持续改善，稳居全国领先水平和世界先进发达国家、地区水平。
医院技术力量雄厚，科研水平不断提升，重大科研项目立项获得新的突破。近年来获得各级科研立项278项，课题总经费达7900余万，组建深圳市妇幼医学研究所,设立院内科研基金项目、博士基金、护理专项基金，发表SCI论文110篇，中文核心期刊612篇，出版专著49部。在中国医学科学院颁布的2017年度和2018年度中国医院科技量值(STEM)排名中，“妇产科学”均入百强；2017全省各级妇幼保健院学科建设综合指数排名“女性生殖”专业评分排名第一、“妊娠分娩”专业评分排名第一；2018年中国医院各学科综合指数排行榜“妇产科学术期刊专项排名”第16名，“2019中国医院影响力排行榜发布会”发布了“医信天下——2019中国医院影响力排行榜综合200强+28个专业百强”名单，在全国上万家医院中，医院妇产科及妇科、产科、儿科均入围百强，分别排在第13名、第6名、第15名、第51名。中国医师协会健康传播工作委员会微信影响力排行榜入围医院类全国50强，排名第11位。
医院党委重视党建工作，坚持把方向、管大局、作决策、促改革、保落实的领导作用；充分发挥群团组织的作用，开办卫生系统首个“职工子女假期托管班”，成立多个兴趣小组，定期举办文艺汇演、歌手大赛、征文比赛及“青年论坛”等活动，拍摄微电影，努力打造职工和患者喜闻乐见的文化品牌，为医院的建设和发展铸魂立魄。落实对口帮扶任务，成为“她健康家幸福”健康扶贫项目华南区域负责人单位，获“她健康家幸福特别贡献奖”、“她健康卓越贡献团队奖”。
展望未来，医院将乘着深圳建设中国特色社会主义先行示范区和粤港澳大湾区核心引擎城市的东风，秉承“保障母婴安康、提高出生人口素质”的办院宗旨，弘扬“团结、耐劳、慎独、向上”的院训精神，大力推进“八大中心”建设、学科发展和人才培养，努力构建国内一流的集约型、服务型、创新型妇幼保健服务体系，向“树立市妇幼优质品牌，打造广深医疗高地，创建粤港澳大湾区妇幼保健医疗中心，推进健康深圳建设”的目标奋斗，努力开创妇幼健康管理新模式，为我国乃至全球妇女儿童健康事业贡献深圳智慧和深圳经验。
