临床上也会出现肛瘘手术后有反反复作的现象。这与患者的病情、手术医生的技术水平及术后换药等均有直接密切关系，一般来说，到正规肛肠医院进行治疗出现反复的几率是很低的。那肛瘘为何会出现反复呢?

内口处理不当：绝大多数是因为内口没有找，或没有把感染的原发灶即内口有效清除。

肛瘘支管及其瘘空腔清除不有效：即在手术中没有刮干净坏死组织或清除支管，即可导致反复。

内口复杂：即瘘内口二个或二个以上时，寻找内口不有效，导致反复。

肛门腺处理不当：据近年来的表明，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此，要切除干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管。

新生成的肛瘘：多为患者因肛门腺感染，又发生了肛周脓肿，导致新的肛瘘，而被误认为是反复，在临床中不难鉴别。

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